Haparandahamn byggdes ursprungligen som en kommersiell hamn för Haparanda stad under åren 1931-1934. Ännu under 1960-talet förekom ännu handelssjöfart, men under början av 1970-talet byggdes hamnen om till en småbåtshamn. I början sköttes verksamheten av kommunen, men ganska snabbt övertog BK Bothnia skötseln och driften.

I riksdagens Tornedalsutredningen 1958 konstaterades att det fanns tre kommersiella hamnar i Tornedalen (finska sidan nämndes inte ens) . Dessa var Haparanda, Haparandahamn och Sandvik. I utredningen föreslog länsstyrelsen att en billinje skulle upprättas mellan Haparandahamn och Haparanda stad.